Im naturwissenschaftlichen Weltbild Hahnemanns spielt eine sowohl in biologischen Systemen als auch in der so genannt unbelebten Materie gleichermaßen aktive universelle Lebenskraft eine zentrale Rolle. Durch den Prozess der Potenzierung wird dieses im Innern der Materie verborgene, fundamentale Wirkungsprinzip der Natur gewissermaßen „erweckt“ und „kömmt wundersam zum Leben, ... um desto eindringlicher und freier auf den menschlichen Organismus einwirken zu können.“

Wie wir uns dies genau vorzustellen haben, lässt Hahnemann als strikter, aller theoretischen Spekulation abgeneigter Pragmatiker aber offen. Diese theoretische Lücke kann historisch und ideell am besten durch das recht detailliert ausgearbeitete physikalische „System der Wechselwirkungen“ F.A. Mesmers ausgefüllt werden, dessen Heilmagnetismus Hahnemann im Organon als eine der ganz wenigen mit der Homöopathie kompatiblen Heilmethoden ja ausdrücklich befürwortet. Eine dem heutigen Stand des Wissens angepasste Neuformulierung von Mesmers ioenergetischem Aethermodell der Materie ermöglicht nicht nur ein gegenüber den heute geläufigen Modellen wesentlich vertieftes Verständnis des Potenzierungsprinzips, sondern stimmt sowohl mit dem relativistischen Äquivalenzprinzip von Materie und Energie als auch mit der kausalen Interpretation der Quantenmechanik zumindest qualitativ erstaunlich gut überein.

Damit darf die Homöopathie auch auf theoretischer Ebene nach wie vor den Anspruch erheben, eine rational-kausale medizinische Wissenschaft zu sein. Dies gilt, wie die neuesten Studien zeigen, auch im praktisch-experimentellen Bereich: Bei sachgerechtem Konzept und korrekter Durchführung lässt sich die Homöopathie selbst im Doppelblind-Versuch verifizieren. Die Fallstricke, welche es hierbei zu vermeiden gilt, werden exemplarisch am Beispiel der Münchner Kopfschmerzstudie aufgezeigt, dem auch heute noch bekanntesten doppelblinden Nachweisversuch der Hochpotenz-Wirkung mit angeblich negativem Resultat. Hier führten eine bereits problematische Konzeption, ein relevanter Randomisierungs-Artefakt und prolongierte Erstverschlimmerungen in Verbindung mit einer teilweise fehlerhaften Auswertung zu widersprüchlichen und unbrauchbaren Resultaten.